Wenn die restlichen Dateien vom gleichen Typ sind, wäre es wohl das einfachste, sie alle mit der Windows Suche aufzulisten und dann auszuschneiden.
Dein Problem ist doch, dass Du den alten, jetzt doppelten Musik Ordner nicht einfach löschen kannst, weil da jetzt noch vereinzelt andere Dateien rumschwirren?
Edit: Ok, damit kriegst Du schonmal die .wma Dateien raus. Die ungetagten MP3 Dateien sollten allerdings jetzt auch in der iTunes Bibliothek sein. Allerdings immer nur als Track1, Track2, …
Am einfachsten wäre es hier wohl, die alten Dateien alle einmal durch MP3Tag oder so laufen zu lassen und dann nochmal mit iTunes zu importieren. Doppelte dabei ignorieren lassen.
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