weiß nicht ob ich verstehe was du machen willst, aber du kannst deinen appendix ja chaptern. zumindest wenn deine documentclass report oder book ist, oder was das magazin sich so ausdenkt.
\begin{appendix}
\chapter{Appendix}
\section{blaa}
\label{bla}
..
\chapter{Online appendix}
\section{bla2}
\label{bla2}
..
\end{appendix}
dann steht da wenn du mit \ref{bla} zugreifst „A.1.“ oder \ref{bla2} „B.1.“
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